嘉靖十九年(1540)为母守孝期满后复入朝,授河南道监察御史。这时的大明王朝,政治腐败,弊端从生,迷信风行,忠臣遭诛,贪奸当道,民饿国疲,人心危乱。昏庸的嘉靖皇帝不思救国为民,却欲长生不老而沉迷于巫术和修仙炼丹之中,经年不视朝,由四岁太子监国。面对如此乱象,太仆寺卿杨最谏言,却惨遭杖死。但杨爵没有畏惧退缩,怀着满腔赤诚,于嘉靖二十年(公元1541年)上疏《隆治道疏》,言辞激烈地痛陈朝廷“任用非人,兴作未已,朝讲不亲,信用方术,阻抑言路”等五大弊端,希望嘉靖帝能幡然醒悟,挽救“失人心、致危乱”的危局。此疏如惊雷,直接触怒嘉靖帝,杨爵当即被下诏狱,遭受严刑拷打,血肉横飞,昏死一夜才苏醒,即便如此,仍被镣铐禁锢,禁止家人探望,断绝饮食,几近死亡。
即便身处绝境,杨爵也从未屈服。主事周天佐、御史浦鋐仗义执言,上疏解救,却先后被杖死狱中,此后无人再敢为杨爵发声。但他在狱中与工部员外郎刘魁、给事中周怡相互砥砺,讲学论道,著成《周易辨说》《中庸解》,将自己的思想与感悟留存后世。嘉靖二十四年(公元1545年)八月,因方士扶乩预言,杨爵暂时获释,可尚书熊浃上疏揭露扶仙之妄后,他回家仅十日就又被逮捕入狱。直至嘉靖二十六年(公元1547年)十一月,大高玄殿火灾,嘉靖帝祷于露台,似闻呼杨爵等为忠臣之声,才下诏释放他。至此,他已遭受长达七年的牢狱之灾